Jens Dörpinghaus / Sebastian Schaaf / Vera Weil

Java für die Life Sciences

Eine Einführung in die angewandte Bioinformatik

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Erscheinungsdatum: 14.12.2020Seitenanzahl: 268Verlag: O'ReillyEinband: Broschur ISBN Print: 978-3-96009-125-7ISBN PDF: 978-3-96010-342-4ISBN ePub: 978-3-96010-343-1ISBN Mobi: 978-3-96010-344-8 Artikelnummer: 7923

Informationen zum Buch

Lernen Sie grundlegende Java-Techniken, die für die Auswertung von Biodaten benötigt werden

  • Eine Einführung in Java für Biowissenschaftler mit Programmiererfahrung
  • Bietet biologische Hintergrundinformationen, soweit sie zum Verständnis des Problems hilfreich sind
  • Mit zahlreichen Übungsaufgaben und Codebeispielen

Diese Einführung in die angewandte Bioinformatik mit Java vermittelt Ihnen grundlegende Java-Techniken, die für die Analyse von Daten in den Life Sciences benötigt werden. Das Buch richtet sich an Studenten, Wissenschaftler und Praktiker mit Grundkenntnissen in einer höheren Programmiersprache. Es bietet Ihnen einen fundierten Einstieg in die Kernthemen der Programmierung in den Life Sciences.

Aussagekräftige Beispiele aus der Bioinformatik illustrieren alle notwendigen Schritte, damit Sie in kurzer Zeit Ergebnisse mit Java erzielen können. Biologische Zusammenhänge werden immer dann beschrieben, wenn sie zum Verständnis des Problems hilfreich sind. Anhand der zahlreichen Praxisprojekte und Übungsaufgaben lernen Sie, Ihre eigenen, gut durchdachten Softwarelösungen zu schreiben.

Themen des Buchs:

  • Die Java-Arbeitsumgebung: Installation und Einrichten von JDK, Eclipse, Git und Maven
  • Java zum Auffrischen: Programmierkonzepte wie Variablen, Arrays und Schleifen sowie objektorientiertes Programmieren
  • Data Engineering: Workflows für den Data Lifecycle, die Arbeit mit XML, JSON, SQL, API-Schnittstellen und BASH
  • Data Mining: Methoden der Klassifizierung und des Clusterings wie Binning, Hashing, statistische Modelle und K-Means
  • Netzwerkanalyse: Einführung in die Bibliothek JGraphT, Graphen als Methode zur Darstellung biologischer Prozesse
  • Bildverarbeitung: die Arbeit mit ImageJ für Partikelanalyse, Objektklassifizierung und Farbanalyse
  • Sequenzanalyse: die Bibliothek BioJava, Sequence Alignment, BLAST und Next-Generation Sequencing


Autor*in

Jens Dörpinghaus / Sebastian Schaaf / Vera Weil

Jens Dörpinghaus hat Mathematik und Informatik studiert. Nach einigen Jahren am Deutschen Zentrum für
neurodegenerative Erkrankungen arbeitet er seit einiger Zeit als Postdoc am Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAI (Sankt Augustin) in der Abteilung Bioinformatik. Er unterrichtet an der Universität Bonn im Studiengang Life Science Informatics.
Sebastian Schaaf hat Biologie und Bioinformatik studiert und anschließend im Fach Bioinformatik promoviert. Nach einigen Jahren an der LMU München und dem dortigen Standort des Deutschen Krebsforschungszentrums arbeitet er ebenfalls als Postdoc am Fraunhofer-Institut für Algorithmen und Wissenschaftliches Rechnen SCAI in der Abteilung Bioinformatik, zunehmend in medizininformatisch geprägten Projekten. Auch er unterrichtet an der Universität Bonn im Studiengang Life Science Informatics.
Vera Weil hat Mathematik und Informatik studiert und anschließend im Fach Informatik promoviert. Sie hat zwei Jahre als Postdoc an der RWTH Aachen am Institut für Management Science gearbeitet. Seit einiger Zeit lehrt sie an der Universität zu Köln im Fach Informatik und unterrichtet dort im Wesentlichen das Programmieren mit Java.

Richtet sich an

  • Student*innen der Biologie, Life Sciences, Bioinformatik, Informatik, Naturwissenschaften
  • Praktiker*innen, die Biodaten auswerten